Pertenece al Instituto Nacional de las Artes Escénicas y de la Música. Fue creada en 1983 para contribuir a la formación de músicos españoles en la etapa previa al ejercicio de su profesión.
Su objetivo fundamental es el perfeccionamiento profesional y artístico de sus músicos a través del estudio y la práctica del repertorio universal sinfónico y de cámara. Para ello, la Joven Orquesta Nacional de España (JONDE) celebra varios Encuentros anuales. Dichos encuentros son tutelados por profesores y dirigidos por directores de reconocido prestigio nacional e internacional, y terminan con la celebración de giras de conciertos y la participación en proyectos diversos.
A lo largo de su trayectoria, la JONDE ha creado las Academias de Música Contemporánea o Música Barroca, y ha colaborado con solistas tan importantes como Mstislav Rostropovich, Agustín León Ara o Rafael Orozco. También ha actuado en la mayoría de los festivales y auditorios de España, y ha realizado giras por numerosos países como Bélgica, Rusia, Ucrania, Estonia, Hungría, Francia, Estados Unidos, Italia, Reino Unido, Portugal, Luxemburgo, Alemania, Holanda y Austria, entre otros.
De su dirección artística se han encargado, en sus distintas etapas, Edmon Colomer, Llorenç Caballero, José Luis Turina y, desde 2020, Ana Comesaña.